Фильм продолжает рассказывать историю необычного юноши, наследника дома Атрейдесов — Пола.
После неожиданного жестокого вторжения Харконненов на Арракис, Пол вместе с матерью Джессикой сбегают в пустыню, где примыкают к фрименам. Под надзором Стилгара — главы одного из ситчей — юноша делает первые шаги к покорению дюны. Теперь у фрименов нет сомнений, что Пол — действительно тот самый Махди, которого они ждали столетиями.
Однако Пол продолжает находиться в сомнениях. Силы, скрываемые внутри него, пугает юношу. Видения о грядущей войне не дают ему покоя. В то же время Пол Атрейдес испытывает сильнейшую ненависть к Харконеннам и желает отомстить не только за жестокость, проявляемую к фрименам в прошлом, но и за убийство его отца — Лето Атрейдеса.
Среди фрименов Пол встречает девушку из своих видений — Чани. Между молодыми людьми возникают сильные чувства, однако теперь Полу необходимо выбирать — любовь всей его жизни или судьба Вселенной.